山核桃属叶绿体基因组微卫星特征分析及分子标记开发

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本研究利用山核桃属6个不同物种的叶绿体基因组(chloroplast genome DNA, cpDNA)序列信息,分析其简单重复序列(chloroplast simple sequence repeat, cpSSR)特征及开发分子标记。结果表明,山核桃属各物种叶绿体平均长度163 048 bp,每个基因组平均有224个微卫星,cpSSR分布频率平均约为1.37个/kb。山核桃属cpSSR以A/T类型的单核苷酸重复基序为主,占微卫星总数的85.79%,各物种碱基重复基序类型较为一致;cpSSR在叶绿体基因组上的分布主要集中在大单拷贝区(large single copy, LSC)和小单拷贝区(small single copy, SSC),在两个反向重复序列(inverted repeat sequence, IRa和IRb)分布最少;山核桃属各物种cpSSR主要分布于cpDNA的非编码区。以薄壳山核桃的cpSSR为基准,其它物种与其进行Blast比对,结果发现共有62种cpSSR (包括34种完全型,28种复合型cpSSR)具有种间差异,对具有种间差异的cpSSR进行引物设计,共成功设计出61对引物。以山核桃属5个物种共9个样品的DNA为模板,对这61对引物进行PCR扩增。选用的61对引物中有49对引物扩增出的产物有目的条带,其中6对引物扩增良好,在种间具有明显的多态性。本研究为山核桃属植物的遗传多样性、系统发育、种质资源鉴定等研究提供理论基础。
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