医药产业是一个融合多学科、知识密集型、技术密集型的产业,关系到人类的生命健康以及社会的和谐稳定.本文以中国医药产业发展为背景,运用BCC模型与Malmquist指数相结合的方法,搜集中国29个省市医药产业投入与产出面板数据,同时与29个省市经济增长全要素变动进行对比,对中国医药产业创新效率进行测算、对其影响因素及成因进行剖析.研究发现:创新效率与区域经济实力并不呈正相关;纯技术创新效率的低下是导致中国医药产业整体创新效率滞后的原因;产业技术创新力度、创新资源利用、创新活动规范化管理及政府的产业发展政策等是影响医药产业创新效率的主要因素;据此有针对性地提出若干政策建议，把创新资源的管理贯穿整个医药产业创新过程;政府可以加强产业、企业、科研机构之间的联系构建一个医药产业协同创新平台;各个省份区域之间要根据自身实际环境，因地制宜、各有侧重采用制定不同的政策推动医药产业的发展。