利用AFLP技术对连续4年选育的中国对虾抗白斑病毒群体进行了遗传分析,并比较了不同的数据处理方法对遗传学参数的影响。7个EcoRⅠ/MseⅠ引物组合共产生350个位点,其中202个为多态位点。4代群体的多态位点比例分别为:39.4286%,41.4286%,33.4286%,39.1429%,Nei基因多样性指数分别为:0.1197,0.1259,0.1133,0.1249;4代群体的Shannon多样性指数分别为0.1831,0.1917,0.1702,0.1896。遗传多样性水平除了第3代群体标本明显较低外,其它3代甚为接近,维持在一个恒定的水平。比较了Nei分析、Shannon信息指数分析、AMOVA分析得出的遗传学参数,建议AMOVA分析作为应用AFLP进行群体遗传学分析时首选的统计方法。在AFLP指纹图谱中发现共显性基因座,对其中1个基因座的两个AFLP片段进行了回收、克隆及测序。序列分析表明,多态性是由引物扩增区域内4个核苷酸的插入/缺失导致的,证明了AFLP标记并不完全是显性标记。实验表明AFLP技术灵敏度高,信息量大,适用于分析亲缘关系较近的个体或品系,在中国对虾分子标记辅助育种方面有应用潜力。