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本文研究供应链系统中供应商与制造商合作创新的演化博弈过程，分析溢出效应、创新补贴在供应链企业合作创新中的影响，给出系统的演化稳定策略。结果表明：溢出效应促使更多的制造商选择“补贴”策略，加快了系统向稳定平衡点演化的速度；制造商的补贴虽然会促进供应商创新行为，但是过多的补贴也会使制造商对选择补贴的策略持消极态度；只有在一种情况下，即在没有制造商补贴的情况下，供应商依然能够通过创新获利，系统演化的最终结果才会是供应商选择创新，制造商选择补贴。