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理学理气论对后期中医学的发展产生了重要影响。由于理学的启导,后期中医学强调对医理的研究。但是由于中医学与理学属于不同的两门学科,二者在深层上对理气的理解是不同的。医学所探讨的理是医理、人体生命科学之理,而理学所探讨的理主要是道德之理、社会之理。由于理学的价值立场,在理气观上存在着褒理贬气的倾向;而中医学恰好相反,是重理宝气。在理气关系上,中医学继承了朱子的理气不分先后论,主理气合一之学。朱子的理本论在认识论上发展为中医学对理的重视。在学理上中医学重理宝气,理气并重,而理学的褒理贬气导出的伦理学上的理欲之辨对中医的养生、发病与治疗思想产生了重要影响,强调养生与养德的必然联系。