【摘 要】
：
目的通过生物信息学方法筛选出肝癌中的关键基因，并预测其在肝癌发生中的潜在分子机制及其对肝癌预后的影响。方法通过基因表达综合数据库(GEO)下载3个肝癌微阵列数据集，进行差异分析并取其交集。利用DAVID数据库对187个差异表达基因(DEGs)进行功能富集分析。通过STRING数据库及Cytoscape软件构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络及筛选关键基因。利用GEPIA、GSCALite
【机 构】
：
武汉大学中南医院消化内科 湖北省肠病医学临床研究中心湖北省肠病重点实验室 430071,武汉大学中南医院胃肠外科 武汉市腹膜癌临床医学研究中心 湖北省肿瘤医学临床研究中心 肿瘤生物学行为湖北省重点实验
论文部分内容阅读
目的通过生物信息学方法筛选出肝癌中的关键基因，并预测其在肝癌发生中的潜在分子机制及其对肝癌预后的影响。
方法通过基因表达综合数据库(GEO)下载3个肝癌微阵列数据集，进行差异分析并取其交集。利用DAVID数据库对187个差异表达基因(DEGs)进行功能富集分析。通过STRING数据库及Cytoscape软件构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络及筛选关键基因。利用GEPIA、GSCALite数据库进行关键基因通路、表达验证及预后分析。
结果获得185个3个数据集交集的DEGs，包括54个上调基因和131个下调基因，这些基因生物功能主要富集在细胞分裂和细胞凋亡，主要参与细胞周期、DNA复制、Rap1信号通路的调节。在PPI网络中筛选出10个关键基因，分别为胸苷激酶1(TK1)、细胞分裂周期相关5(CDCA5)、甲状腺激素受体相互作用体13(TRIP13)、着丝粒蛋白M(CENPM)、异常纺锤形微管组件(ASPM)、着丝粒蛋白F(CENPF)、微型染色体维护复合体组件49(MCM4)、霍利迪连接体识别蛋白(HJURP)、母体胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)、非染色体结构维护凝缩蛋白Ⅰ复合体G亚基(NCAPG)。关键基因在肝癌中高表达，除UBE2C外，关键基因高表达与肝癌患者总生存率低相关。
结论关键基因与肝癌的发生和预后不良有关。
其他文献
目的观察不同温度下阻断胎羊肺动脉对胎羊中枢神经系统的影响，探讨低温对大脑的保护作用。方法2017年1月至2019年12月，将18只孕羊(孕120～140 d)，南方山羊种，由广州市白云区隆归兴科动物养殖场提供，采用完全随机分组分为常温组(n＝6)、低温组(n＝6)和对照组(n＝6)。分别在不同时间点采集胎羊的上腔静脉血，检测白细胞介素(IL)-1、超氧化物歧化酶(SOD)、神经元特异性烯醇化酶(N
目的通过GATA2、GATA6探究环状RNA调控胃癌自噬和凋亡的机制。方法以人胃癌SGC-7901细胞(中国科学院上海细胞生物学研究所)为研究对象，建立干扰RNA转染模型，通过流式细胞术检测细胞周期改变、膜联蛋白V-异硫氰酸荧光素(Annexin V-FITC)/碘化丙锭(PI)双染检测细胞凋亡、倒置相差显微镜、透射电镜观察细胞形态，并应用MDC染色对细胞自噬进行测定。结果反转录-聚合酶链反应(R
小型泛素样修饰(SUMO)是一种重要的蛋白质翻译后修饰。SUMO化及去SUMO化修饰是可逆的并且处于动态平衡的稳态。异常的SUMO化可直接或间接影响蛋白质的功能，影响多种肿瘤发生发展的多种生物学过程，包括基因组稳定及DNA损伤修复、基因转录调控、维持肿瘤干细胞的特性、细胞周期调控、侵袭转移等。本文就异常SUMO化修饰在肿瘤发生发展过程中的作用机制研究进行综述。
目的观察生物钟基因在非酒精性脂肪肝大鼠发病中的作用以及利拉鲁肽的影响。方法构建SD大鼠(湖南斯莱克景达实验动物有限公司)非酒精性脂肪肝模型，分为对照组、脂肪肝模型组、利拉鲁肽干预组；于给药后的第2周和第4周进行取样，每次取样按各时点(0、12、24 h)分成3组；苏木精-伊红(HE)染色观察肝脏变化；检测肝脏组织甘油三酯含量；检测各组时钟昼夜调节因子(Clock)、隐花色素抑制因子(Cry1)、F
甲状腺癌是一种常见的头颈部恶性肿瘤，近年来发病率逐年上升。甲状腺癌的分子发病机制有待明确。其表观遗传变化是近年来甲状腺癌发病机制方面研究的热点。为进一步揭示甲状腺癌的发病机制、了解其预后及遗传性控制等。本文对甲状腺癌中发现的主要表观遗传学变化的研究进展、甲状腺癌表观遗传治疗策略等进行综述。
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的发病率在全球范围内呈急速上升趋势，已成为欧美发达国家最常见的慢性肝病和肝移植的主要原因。由于人们生活水平的提高及生活方式、习惯的改变，我国NASH的发病率也逐步上升。目前，NASH的发病机制尚未阐明，至今尚无经药监局批准用于临床治疗的有效药物。近年，NASH的研究备受关注，取得诸多原创性成果。本文就NASH致病机制的研究进展进行综述，拟为其药物研发及临床防治提供指导
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)葡萄糖磷酸变位酶样蛋白5反义1(PGM5-AS1)靶向微小RNA(miR)-484对乳腺癌细胞增殖、细胞周期分布和凋亡的影响及其临床意义。方法53例乳腺癌患者来源于2016年1月至2018年10月南开大学附属第四中心医院确诊患者。收集患者肿瘤组织和癌旁组织(距离癌灶> 5 cm处正常组织)。实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测乳腺癌组织、癌旁组织
目的探讨人T细胞免疫球蛋白与黏蛋白1(Tim-1)在胶质母细胞瘤中的表达及对肿瘤细胞生物学功能的影响。方法通过组织芯片免疫组织化学、蛋白质印迹法(Western blot)检测Tim-1在胶质母细胞瘤组织(西安百思达生物科技有限公司，GL805a、GL805c)及细胞株(购自中国科学院上海细胞研究所)中的表达；通过RNA干扰(RNAi)技术构建下调Tim-1表达的胶质母细胞瘤细胞株，采用t检验比较
目的观察微小RNA(miRNA，miR)-646/CXC型趋化因子配体10(CXCL10)轴对肝癌侵袭的影响并探讨其分子机制。方法选取2018年6月到2020年1月南阳市中心医院收集的108例肝癌组织和对应癌旁组织作为研究对象，采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析miR-646表达水平。采用Lipofectamine 2000转染miR-646 mimic和对照mimic至肝癌细胞MHCC97H
目的建立基于迷走神经元荧光标记的高脂饮食诱导肥胖(DIO)小鼠和袖状胃切除(SG)小鼠模型。方法选取购自美国Jackson实验室10周龄健康的无特定病原体级Phox2b-Cre-tdTomato转基因小鼠。获得标记基因的小鼠随机分为两组，分别给予高脂饮食和正常饲料喂养，获得DIO小鼠。25只DIO小鼠依据随机数字表法分为3组分别接受袖状胃切除术(SG，10只)，袖状胃切除-迷走神经离断术(SG＋T