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目的 了解厦门市手足口病病原检出率的影响因素.方法 2009年至2010年,收集哨点医院病例的咽拭子和血清标本1 502人份,用荧光定量R-PCR法进行核酸检测,分析EV71和CoxA16检出率的影响因素.结果 EV71和CoxA16总检出率为63.5%(954/1 502).咽拭子检出率高于血清;发病3 d内的标本检出率较高,时间间隔越久检出率越低;专科医院检出率高于综合医院;年龄别检出率呈抛物线形.结论 标本类型、采集时间、医院类型、患者年龄与EV71和CoxA16检出率相关.