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为了评价结核病控制规程和收容结核病人的医院实施预防措施,重要的考虑应该是应用准确的流行病学研究以追踪个别菌株来分析疾病的传播。结核分支杆菌菌株的生长需要4-8周,于是应用显性标记需要类似长的时间间隔。此外,由于缺少高度多形的菌株标记以能区别感染互相无关系的人的各种杆菌,所以这种研究做的很少。直到不久前,唯一可用的结核分支杆菌菌株的分型方法是噬菌体分型。然而,由于技术上的难度以及仅有有限数目的噬菌体型能被区别,没有多少化验室应用此法。