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自2003年我国实行新型农村合作医疗制度试点以来，新农合发展至今，对于切实提高农民的健康水平，促进农村经济社会发展，消除城乡二元经济结构发挥了积极作用。当前，随着新医改的启动，新农合在实际运行过程中也遇到许多问题，保证新农合稳定运行的制度体系和长效机制还未完全成熟，新农合进一步发展面临诸多困境。本文作者自2003年新农合试点以来，对新农合及其制度的研究工作从未停止。作者深入皖西的乡村、医疗机构、政府主管部门和经办机构进行了专题调研，总结了新农合在实际运行中的诸多问题，并提出了建设性意见。