我国猕猴桃(Actinidia)种质资源极其丰富,可为猕猴桃遗传改良和资源利用提供广泛的背景材料,而从实生苗群中筛选变种是猕猴桃新品种培育途径之一。本研究以17份猕猴桃品种(系)(其中2份红阳变异系、1份金桃变异系)为材料,采用目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)对其遗传多样性和变异进行分析。结果表明,基于优化后的适宜于猕猴桃SCoT-PCR反应体系,从64条引物中筛选出42条引物对17份猕猴桃材料扩增出487条清晰的条带,其中多态性条带为470条带,平均多态性比率为95.1%。17份猕猴桃材料之间的遗传距离范围在0.153~0.693,平均值为0.492。变异株桂乐1号、桂乐2号与对照红阳的遗传距离分别为0.276和0.299,金桃变异与金桃的遗传距离为0.539,3个变异株系均与对照有一定的亲缘关系与遗传距离。聚类分析表明,在遗传距离为0.460的水平上,可以将17份猕猴桃材料分为4组。桂乐1号、桂乐2号与对照红阳归为第Ⅲ组,金桃变异与对照金桃则未能聚为同一组。SCoT分子标记可以对猕猴桃性状变异进行初步鉴定,为进一步开展变异新品种的早期鉴定和保护提供技术参考,以及为猕猴桃种质资源遗传多样性分析及其分类提供理论支持。