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本文采用主成分分析法(PCA)构建高等教育投入产出的办学效率评价体系,并用数据包络分析法(SBM模型)对教育部直属高校2008-2013年投入产出的办学效率进行了分析和评价。研究发现,教育部直属高校的办学效率具有一定的差异性,高等教育投入与产出存在不匹配现象,说明我国高等院校办学效率还有较大的提升空间。最后进一步提出我国高等院校办学效率的改进方向,为改变现有的教育拨款考核绩效评价机制提供实证依据。