目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(CVA4)的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒(EV)、人肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVAl6)、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株(AB268278)、以及台湾2008年分离株(AB571570)核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株(AB571563)、吉林2006年分离株(JQ715709)同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株(GQ253375)同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株(HQ728260),共有6个氨基酸突变位点:N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。