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对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆，海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序，得到395bp的可信片段。通过ClustalX 1．83和Mega3．0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较，共检测到118个碱基变异，其中简约信息位点为33个。应用Mega3．0计算各种间的相对遗传距离，以糙海参为外类群，得到NJ系统树和MP系统树，系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明，马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近，其次为中间球海胆，而紫海胆、