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马流感病毒（Equine influenza virus，EIV）是马流行性感冒的病原体。马流感病毒的基因组为单股负链RNA，含有大小不同的8个独立的RNA片段，其第8片段为非结构蛋白基因，基因长890bp，编码非结构蛋白NS1和NS2。两者的相对分子质量分别为25ku和14ku。编码NS1的读码框连续，而编码NS2的mRNA需要剪切。序列分析表明，NS1和NS2有70个氨基酸重叠，并且在氨基端有9个氨基酸是相同的。在感染早期NS1被大量合成，