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肠道微生物与人体免疫系统共生并相互影响,已有研究表明炎性肠病、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病的发生与肠道微生态的改变相关,肠道微生物的检测及改变有一定的诊断价值及治疗作用。多种自身免疫性疾病患者肠道微生物构成与健康人群存在不同程度的差异,通过饮食、药物调节,重建肠道微生态则有助于改善疾病。本文对肠道微生物在系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、脊柱关节炎及炎性肠病中的作用及目前在疾病诊断、治疗方面的进展进行综述。