重点学科
　　教育部重点学科：中医骨伤科学、中医内科学、中药学
　　国家中医药管理局重点专科：肝病专科、骨与关节病专科、肾病专科，糖尿病专科，脾胃病专科、慢性心衰专科和针刺麻醉专科
　　国家中医药管理局急诊基地：急诊科
　　上海市重点学科和特色专科：肛肠科、甲状腺专病科
　　此外，该院还在全国率先建立集各种中医诊疗手段于一体的传统中医诊疗中心和“治未病”试点中心。
　　特色科室
　　中医肝病科
　　该科是国家中医药管理局“十五”重点专病专科建设项目、全国中医肝病医疗中心、上海市中医肝病临床医学中心，上海市中医肝病临床协作中心。科室结合中医经典理论和临床实践经验，在中医药防治慢性肝炎、肝纤维化、肝硬化、原发性肝癌等方面形成了自己的专科特色。
　　中医骨伤科
　　该科是国家中医药管理局“十五”重点专病专科建设项目、上海市教委重点建设专科、上海市中医骨伤医疗协作中心。学科带头人是申城近代中医骨伤科世家“石氏伤科”的第三代传人，在治疗骨关节病和腰腿痛等方面建树卓越。
　　中医肾病科
　　该科是国家中医药管理局重点学科、教育部重点学科、上海市中医特色专病专科，上海市中医肾病医疗协作中心。该科在肾病综合征、慢性肾炎，肾性血尿，尿毒症等疾病的治疗上独树一帜。
　　特色医疗
　　药棒叩击治疗骨关节病
　　针对许多骨关节病患者单用针灸、中药疗效不显著的状况，该院针灸科尝试采用“药棒叩击综合疗法”，将药棒叩击与针刺、艾灸，中药内服、中药外敷或熏洗等方法相结合，多管齐下进行治疗，取得较好疗效。具体方法是先用针灸推动经络气血；随后用药棒叩击，使药液通过针孔达到经络，达到“以温达通，通则不痛”的效果；再辅以中药内服、外敷、熏洗等治疗。适用于中风(卒中)、痛风、老年性关节炎、强直性脊柱炎、风湿性关节炎、类风湿关节炎，腰椎病、肩周炎、颈椎综合征等。
　　药物敷脐治疗肝硬化腹水
　　腹水是肝硬化患者最常见的临床表现之一。该院肝硬化科采用传统中医“药物敷脐”的外治法，采用“虚胀方”和“实胀方”两味药方，制成巴布剂，敷贴在患者肚脐上，以起到减小腹围、促进尿排泄，减轻体重，促进排气的作用。目前，该疗法已申请到国家专利。
　　“对口切开，旷置结合垫棉法”治疗高位复杂性肛瘘
　　高位复杂性肛瘘是国际公认的难治性疾病，常用的挂线疗法、切开疗法等都存在一些不足，容易复发。该院肛肠科采用“对口切开、旷置结合垫棉法”治疗该病，取得较好疗效。其优势在于：对口切开法——创面小；旷置法——避免损伤肛管直肠环，保护肛门括约肌功能；垫棉法——促进组织愈合，防止假性愈合。经多年临床验证，该疗法效果确切，安全实用。
　　电针治疗腰椎间盘突出症
　　近年来，该院骨伤科采用“单穴电针”治疗腰椎间盘突出症，取得较好疗效：该疗法继承老中医多年的临床实践并加以改良，其穴名、定位与针刺方法具有原创性。临床实践证实，该疗法具有患者依从性好，镇痛起效快、安全可靠、复发率少和适应证广等特点，且医疗成本低，较之手术和其他非手术疗法，具有较显著的卫生经济学优势和鲜明的中医特色。