2014年年底,国务院发布《国务院关于促进慈善事业健康发展的指导意见》,以确保公开透明为基本原则,将慈善事业设计为2020年成为全面建成小康社会的重要力量,基金会作为慈善事业的主体应该发挥着更加举足轻重的作用。然而,由于近年来基金会组织不断爆发的经济丑闻,削弱了人民群众对公益性慈善组织社会公信力的信任,使慈善捐款较前几年已经有了明显的下滑,已经直接威胁到慈善事业的可持续发展和基金会的社会声誉。为使基金会更加有序地发展,通过提高慈善组织的公信力与透明度,让基金会的基本信息、财务信息、项目信息、捐赠信息都经的起政府与市场的检验,加强基金会内部控制的重要性是不言而喻的。内部控制是基金会开展与组织公益活动的自我调节与自我制约的内在机制,处于基金会中枢神经系统的重要位置。文章结合我国基金会发展的实际情况,从内部控制体系、预算管理制度、项目管理标准、信息沟通机制、监督管理制度与人员素质等方面归纳出现阶段基金会在内部控制方面存在的明显问题,并在上述问题的基础上提出对策建议,力求通过相关政策建议提高基金会的内部控制管理水平,打造良性的基金会外部运营环境,真正促进基金会的可持续发展,为我国的慈善事业做出应有的贡献。