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变压器励磁涌流带来的谐波会对采用矢量同步法的差动保护带来影响。分析矢量同步方法原理．说明了变压器励磁涌流谐波对线路差动保护矢量同步方法带来的误差原因。理论分析了全波差分傅氏算法和半波差分傅氏算法的异同．并采用这2种算法对同一组数据进行仿真验证。通过理论和实际两方面的对比总结出，对使用矢量同步方法的线路差动保护采用全波差分傅氏算法后可以大大减小谐波带来的同步误差，提高保护装置的可靠性。