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发酵工程是一个具悠久传统的学科，其应用领域已从传统食品发酵、抗生素和基因工程药物拓展到将可再生的生物质转变为现代社会所需要的能源、生物基化学品等产品，发酵工程技术已广泛应用于化工、能源、环境、农业等领域，可为人类社会的可持续发展奠定重要的基础。随着生物技术的发展，发酵工程的研究也可由细胞外的反应器环境条件优化进入到细胞内的生理特性分子机制揭示。