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2008年9月，《亚热带植物科学》主办单位与科学出版社期刊出版中心根据中华人民共和国新闻出版署颁布的《出版管理条例》及其他法律、法规的规定，在双方平等互利、协商一致的基础上，签订了“期刊出版合作协议书”，从2009年第1期开始，科学出版社将与《亚热带植物科学》编辑部携手，共同成为《亚热带植物科学》的合法出版发行单位；科学出版社授权在《亚热带植物科学》刊物上使用“科学出版社出版”的名义，用以提升出版物的品牌影响，并向编辑部提供政治方向审核、刊物监督和审读及法律咨询、信息服务等。