【摘 要】
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利用转录组数据开发SSR标记是一种经济高效的DNA分子标记开发策略。本研究利用高通量测序技术开发楸树(Catalpa bungei)EST-SSR标记,了解其在转录组序列中的分布类型,并利用4
【机 构】
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南京林业大学风景园林学院; 江苏省中国科学院植物研究所;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(31200509);国家“十三五”课题楸树良种选育与高效培育技术研究(2017YFD0600604);江苏省重点研发计划(现代农业)项目(BE2016384; BE2017372);江苏省林业三新工程(LYKJ [2017] 05)共同资助
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利用转录组数据开发SSR标记是一种经济高效的DNA分子标记开发策略。本研究利用高通量测序技术开发楸树(Catalpa bungei)EST-SSR标记,了解其在转录组序列中的分布类型,并利用41对多态性较好的引物对来自安徽(AH)、河南(HN)、湖北(HB)和山东(SD)的4个楸树居群的48个无性系的遗传多样性进行分析。结果表明:在大于1 kb的14 634条序列中,共鉴定出3 999个SSR位点,580条序列包含2个及以上位点;单核苷酸重复(1 957,48.94%)是最常见的SSR类型,其次是二核苷酸重复(1 164,29.11%),三核苷酸重复(834,20.86%),四核苷酸重复(41,1.03%)和五核苷酸重复(3,0.08%);共扩增出243个等位基因,每个位点的等位基因数为3～13个,平均为4.85个,观测杂合度为0.14～1.00,平均为0.63,期望杂合度为0.42～0.84,平均为0.67,大部分位点偏离哈迪-温伯格平衡;AH和HN居群在有效等位基因数和期望杂合度的数值较高,表明其遗传多样性较丰富;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在居群内。本研究为楸树及同属其他树种种质资源鉴定、遗传多样性提供依据,且在指导楸树良种选育等方面具有重要的意义。
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