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环境地理信息系统作为地理信息系统的一个专题研究领域有其独特性。EGIS的研究内容与方法主要包括环境应用分析如污染指标空间分布特征分析、辅助环境影响评价及功能区划、辅助污染分布数值模拟参数确定、结果显示、实时监测的计算机处理系统、突发事件的模拟分析应用等，以及EGIS应用系统建立的方法。EGIS应用系统建立方法一般包括系统目标的选定、污染源的调查统计、系统功能分析、系统设计与实现。