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影响微生态制剂发挥其功效的因素很多，包括制剂的制备方法、贮藏条件、污染（如杂菌）、不正确的产品菌种组合方式、肠内菌群的状态、使用剂量和使用次数、动物（宿主）的年龄、菌群在肠道中的存活率、饲料成分的变化等，可归纳为3大类因素：①菌种因素；②宿主因素；③外界因素。了解这些因素对微生态制剂功效的影响是非常重要的。