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目前国际上主要报道过三株埃博霉素原始产生菌:纤维堆囊菌So ce90、SMP44和So0157-2。关于埃博霉素的生物发酵研究也多集中于此三种菌及其诱变菌株。国内外也有许多单位致力于将埃博霉素合成酶基因簇进行异源表达。但由于埃博霉素对异源宿主菌具有细胞毒性,导致异源表达较为困难或产物产量不尽如人意,因此,目前大部分研究仍致力于对纤维堆囊菌菌种及其发酵条件的改良,以提高发酵产量。