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2004年4月1日。日本国立大学进行了有史以来最彻底的一次体制改革：全国89所国立大学与4所大学共同利用机关由原来隶属于文部科学省的行政机关地位向“国立大学法人”制度转型，完成了一次历史性的飞跃；规划了自进入法人化开始到2010年3月31日六年期间的目标建设，其中包括东京大学学术基本目标、教育基本目标、研究基本目标以及在大学自治基础上的组织运营基本目标，为东京大学法人化后的迅速发展确立了目标方向。