【摘 要】
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目的 将突变前后的蛋白进行分子动力学模拟,从而探讨酰基转移酶LovD活性提高的原因.方法 对酰基转移酶的平面结构进行拟合,通过底物通道NVR2.1计算软件得到LovD的主要底物,在
【机 构】
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河北省沧州市中心医院心血管内一科,河北省人民医院妇科
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目的 将突变前后的蛋白进行分子动力学模拟,从而探讨酰基转移酶LovD活性提高的原因.方法 对酰基转移酶的平面结构进行拟合,通过底物通道NVR2.1计算软件得到LovD的主要底物,在酶活性测定过程中计算均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)和势能、G0和G5的均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF)数值、主要α螺旋区域Ⅰ与通道周围其他螺旋区域的距离等指标.结果 RMSD和势能的计算结果表明,叠合后的蛋白结构组成并没有发生较大的变换;G0和G5的RMSD数值比较表明,G0和G5整体的运动没有发生较大的变化;G0和G5的RMSF数值比较表明,4个局部柔性峰值微弱变化区域和1个柔性变化较大的区域;通过底物通道计算软件得到LovD主要的4条底物通道,α螺旋区域Ⅰ是形成通道的核心螺旋区域;比较G0和G5的主要通道的宽度、长度、弯曲率等数值,突变后G5的主要通道变宽、变短、弯曲率变小;G5的距离变大.结论 远距离的突变使得LovD活性提高是由于α螺旋Ⅰ末端的柔性变化,导致α螺旋Ⅰ的运动的变化,使得在α螺旋Ⅰ附近底物通道变短、变宽、弯曲率减小.这些变化可能降低了底物进出主要通道的阻力,使得参与酶催化的底物在通过这些通道的时候的速率加快,从而使得催化效率提高.
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