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根据1996—2007年京杭大运河扬州市区段水质监测数据，按照《地表水环境质量标准》GB3838—2002中Ⅲ类水质标准，选用内梅罗水污染指数法，运用方差分析，对京杭大运河扬州市区段水质现状进行分析。从内梅罗综合污染指数可知，在1998—2001年间京杭大运河扬州市区段呈重污染状态，其余年份以呈污染状态为主。针对扬州市经济发展和产业结构及布局对河流环境的影响，提出了加强建设生态经济型城市的建议。