【目的】明确中间球海胆（Strongylocentrotusintermedius）柠檬酸合酶（citratesynthase，CS）基因（SiCS）的序列特征、组织表达规律及其应对急性高温胁迫的响应规律，为研究CS基因功能及揭示其参与中间球海胆高温应答的分子机制提供理论依据。【方法】利用RACE克隆SiCS基因cDNA全长序列；通过ProtParam、ProtScale、SignalP、SMART及SWISS MODEL等在线软件进行生物信息学分析，利用分光光度法检测中间球海胆管足和性腺线粒体肿胀度；通过实时荧光定量PCR分析SiCS基因的组织表达规律；利用分光光度法检测中间球海胆管足和性腺中总SiCS酶活性的变化情况。【结果】SiCS序列全长2971 bp，5’端非编码区（5’-UTR）和3’端非编码区（3’-UTR）长度分别为97和1480 bp，开放阅读框（ORF）为1395 bp，共编码464个氨基酸残基。SiCS蛋白分子量约51.48 kD，理论等电点（pI）为6.09，总平均亲水性（GRAVY）为-0.178，为稳定的温和疏水性蛋白；SiCS蛋白不存在信号肽和跨膜结构域，包含有C-端结构域。SiCS蛋白二级结构中，α-螺旋占43.86%，β-折叠占7.02%，无规则卷曲占49.12%；其三维结构与野猪CS蛋白晶体结构一致性为73.97%；与紫球海胆CS蛋白氨基酸序列的一致性最高，为92.90%。SiCS基因在5种组织中均有表达，其相对表达量从高到低依次为体腔细胞＞围口膜＞性腺＞管足＞肠；总SiCS酶活性从高到低依次为管足＞肠＞围口膜＞性腺＞体腔细胞；与对照组（20 ℃）相比，23和26 ℃急性高温胁迫组中中间球海胆管足和性腺中SiCS基因的相对表达量及总SiCS酶活性均呈现出波动变化规律且存在一定差异。【结论】SiCS基因在中间球海胆响应急性高温胁迫中可能发挥重要作用。