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2013年4月，教育部认定了14所高校为国家协同创新中心，即国家“2011计划”首批单位。“协同创新”理念在新形势下为高校的发展指明了新的方向。在高校建设中，学科建设处于核心地位，是高校建设的根基，如何在协同创新背景下实现创新发展极为关键。文章通过对协同创新内涵的诠释，详细分析了高校学科建设所存在的问题，结合协同创新的理念提出了我国高校学科建设应当建立学科交融平台、改革教师评价体系、发展学科群的综合竞争力和建立产学研模式等方式推动我国高校学科建设的协同发展。