为了探讨太湖附泥藻类及其与环境因子之间的关系，在不同季节采取太湖不同湖区表层沉积物，用常规的理化分析方法测定环境中的氮磷含量及其它理化指标，利用高效液相色谱技术（HPLC）分析附泥藻类光合色素叶绿素a、叶绿素b、岩藻黄素及玉米黄素的含量，探讨了附泥藻类时空变化及其与氮磷等环境因子之间的关系。结果表明，太湖水体及表层沉积物氮磷浓度空间差异明显，水体中总氮、总磷及总溶解性磷均表现为：梅梁湾＞贡湖湾＞胥口湾，且空间差异显著（P＜0.05），而胥口湾表层沉积物中总磷及铁磷的含量显著低于梅梁湾及贡湖湾（P＜0.05）。太湖附泥藻类生物量（Chl.a）及三种特征色素含量存在显著的时空差异。从空间上看，Chl.a最高值出现在贡湖湾，其值为（12.79±3.69） μg/g，最低值出现在胥口湾，其值为（2.46±1.14）μg/g。在秋季及夏季，贡湖湾附泥藻类Chl.a及三种特征色素含量高于梅梁湾，梅梁湾高于胥口湾；在春季，梅梁湾附泥藻类Chl.a高于贡湖湾及胥口湾。从季节上看，附泥藻类Chl.a与特征色素叶绿素b变化一致，梅梁湾与胥口湾在春季较高，夏季和秋季相对较低；贡湖湾则是秋季较高，春季和夏季次之。从特征色素的比例来看，太湖各湖区附泥藻类优势种群为硅藻及蓝藻。冗余分析结果表明，太湖附泥藻类生物量及特征色素时空异质性与太湖沉积物磷含量密切相关，尤其是沉积物无机磷含量。本文研究结果为进一步研究附泥藻类生态学功能，以及深入探求太湖富营养化治理提供一定的理论依据。