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HCV基因是由9500碱基构成的单链RNA病毒。该病毒基因组两端附有非翻译区(UTR),依含有5’UTR的内部核糖体进入位点(internal ribosomal entry site,IRES)起动帽非依赖性翻译。本基因组中存在单一的长转录开放读框(ORF),于产生前体蛋白之后,继而通过加工形成不同的蛋白(图1)。此包括构成病毒颗粒的蛋白即结构蛋白(核心、E1、E2及p7)和除此之外的非结构蛋白(NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A及NS5B)。