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外生菌根真菌与很多植物形成互利共生关系，在营养物质交换和碳循环等方面起着关键性的作用，是森林生态系统的重要组成部分。近期生物技术的发展使得人们对外生菌根菌的群体遗传学和分子生态学有了更加深入的认识。本文介绍了一些常用的鉴定外生菌根菌的分子标记，并对每种分子标记的特点及其适用范围进行了讨论。文中总结了几种常用的鉴定未知外生菌根菌的方法，指出了一些在研究外生菌根菌过程中需要克服的内在困难，其中之一就是很多外生菌根菌不可以人工培养，所以人们缺少对其地下部分分布规律和动态变化的了解。在寄主专一性、物种多样性和丰富