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DNA序列分析是一种广泛用于分析生物遗传多样性的强有力的分子生物学技术。利用该技术有助于了解生物类群之间仔在的种属关系并研究生物类群的系统关系。相对于传统的形态分类学，DNA序列分析可从基因和分子水平上对物种的遗传多样性、生物多样性提供可靠而丰富的依据。本文综述了国内外DNA序列分析在黏孢子虫系统学研究和病原检测等方面取得的研究成果，同时也对其应用前景及存在的一些问题进行了分析与探讨。