目的 系统评价中国综合性医院院内感染病原菌分布的变化趋势.方法 计算机检索中国生物医学文献数据库、中国期刊全文数据库、维普中文科技期刊全文数据库及万方数据知识服务平台,检索时间为建库至2013年3月,收集有关医院感染调查和研究的相关文献,由2名独立的研究者严格按照纳入和排除标准筛选文献、提取相关数据并采用Comprehensive Meta分析软件进行率的合并分析,将医院感染病原菌按照调查年份、医院等级、医院所在地区进行分层分析,根据异质性检验结果对医院院内感染不同病原菌分布率加权合并.结果 共纳入345篇文献.合并结果显示:(1)1987-2000年真菌检出率为18.6％(95％CI:13.7％ ～ 24.9％)、葡萄球菌属为18.1％(95％CI:15.4％ ～ 21.0％)、假单胞菌属为14.8％(95％CI:12.2％～ 17.9％)、克雷伯菌属为5.2％(95％CI:4.1％～6.6％)；2001-2012年真菌检出率为17.6％(95％CI:16.4％ ～ 18.8％)、葡萄球菌属为15.0％(95％CI:14.2％～15.8％)、假单胞菌属为13.9％(95％CI:13.1％～14.7％)、克雷伯菌属为10.4％ (95％CI:9.9％～ 11.0％).(2)在二级及以下医院支原体检出率为3.2％(95％CI:0.3％～29.9％)、志贺菌属为4.7％(95％CI:3.4％ ～ 6.3％)、产碱杆菌属为7.2％ (95％CI:1.7％ ～ 26.1％)；三级医院支原体检出率为1.1％(95％CI:0.1％～15.4％)、志贺菌属为1.8％ (95％CI:0.6％ ～ 5.1％)、产碱杆菌属为4.3％(95％CI:2.3％～8.0％).(3)支原体检出率在长江流域经济区为14.3％ (95％CI:2.0％ ～ 58.1％)、西南经济区为0.3％(95％CI:0.1％～1.1％)；棒状杆菌属检出率在长江流域经济区为0.4％ (95％CI:0.1％ ～ 1.4％)、东南经济区为9.5％(95％CI:2.4％ ～ 31.1％)；嗜血杆菌属检出率在北方经济区为0.5％(95％CI:0.2％ ～ 0.9％)、东南经济区为9.2％(95％CI:7.3％～ 11.6％)；沙门菌属检出率在长江流域经济区为6.3％ (95％CI:4.6％ ～ 8.6％)、东南经济区为0.4％ (95％ CI:0.1％ ～3.0％).结论 中国综合性医院院内感染最常见病原菌为真菌、葡萄球菌属、假单胞菌属；近年来克雷伯菌属检出率明显增多并成为最常见病原菌之一；在不同等级、不同地区医院院内感染病原菌分布率差异明显。