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选取线粒体细胞色素b (cytochrome b,Cyt b)基因序列作为分子标记,分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构.2019年9-11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾,共检测到174个单倍型.通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现,棘头梅童鱼可分为北方支系和南方支系.分子方差分析(AMOVA)结果显示,棘头梅童鱼的南北群体存在显著的遗传分化.核苷酸错配分布分析和中性检验结果显示,棘头梅童鱼在更新世经历过种群快速扩张,且估算北方群体和南方群体的种群扩张时间分别在0.799万～1.999万和2.631万～6.577万年前.根据净遗传距离推算出北方群体和南方群体的分化时间在34.5万～86.25万年前.综上得出,中国沿海棘头梅童鱼可分为南北两个种群,在渔业资源开发和管理上需要区别对待.