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科技经费投入是目前科技界内外关注的焦点问题之一。调和或平衡一些众所周知的关于科技投入的正确陈述,往往会导致一些类似于逻辑悖论或两难困境的实际问题,这些悖论或困境在深层次上涉及对科学发展的"游戏规则"的基本理解。本文讨论了六个问题:基础研究宽容失败的原则和纳税人的钱不能浪费的原则如何兼容;为什么会出现科研项目"一管就死一放就乱"的情况;避免重复投入的原则和引入竞争以达到更优结果的原则如何协调;如何规划和计划具有很大的不可预测性的科技发展;无法与投入增长同步提升的投入产出比究竟被内耗在了什么问题上;以及为什么会出现和如何从根本上解决科学数据共享这一"老大难"问题。