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我国新一轮税制改革在即，如何使新的税制在设计上更有利于高技术产业发展就显得格外重要。
当前高技术产业适用的税收政策存在的问题客观地说，我国针对促进高技术产业发展出台了很多相关的税收优惠政策，这些政策对促进企业特别是外资企业和民营企业的科技创新，推动高科技产业化，发挥了一定的积极作用。但纵观整个税制结构和我国的科技税收政策，仍然存在着一些问题。
增值税使高技术企业负担加重
我国目前实行的是以流转税和所得税为主体的双主体税制结构模式，其中流转税收入居于绝对优势地位（2003年增值税占国家税收总量的69％）。但在流转税的具体设计中，并没有考虑高技术产业的一些特点，加重了高技术产业发展的负担。这样虽然我国的高技术产业在所得税上享受了一定的优惠，但是从整体来看，整个高新技术产业的所得税倾斜政策不能最大限度地发挥效力。
现行增值税加重了高技术产业的税收负担，从一定程度上制约了高技术产业的发展。这主要是因为我国目前实行的是生产型增值税，高技术产业比一般加工产业资本有机构成高，而固定资产所含税款不能抵扣，那么，高技术企业负担也相对重一些，而且生产型增值税也不利于高新技术企业适时进行设备更新改造，妨碍企业技术装备进步。更重要的是，它还在一定程度上形成了对高新技术产品的重复征税。高新技术产品出口时，不能实现彻底退税，从而削弱了我国高新技术产品的国际竞争能力。此外，与其它产业相比，高技术产业无形资产和开发过程中的智力投入往往占高新技术产品成本的绝大部分，但这些投入并不能抵扣。这也导致了高技术产业增值税负担偏重，增加了科技投入的负担，容易挫伤企业技术创新投入的积极性。
企业所得税优惠存在功能缺陷
我国企业所得税对内外资企业执行了不同的税率，外资企业所得税税率为15％，内资企业所得税税率为33％，内资企业所得税税负重于外资企业。具体到高技术产业，内外资企业也存在着不平等现象，如生产型外资企业自盈利之日起，两年免征企业所得税，后3年减半征收企业所得税。购买国产设备投资，还可以抵免企业所得税。但对新办内资高科技企业，自投产之日起，只能2年内减免企业所得税。事实上，很多高科技企业很难真正享受到这一优惠，因为高科技项目从研究开发到批量生产，再到开辟市场，其周期一般较长，大多要超过2年。
除了内外资企业所得税的差别外，我国执行的区域性税收优惠政策也存在着一定的功能缺陷。具体表现在高新技术产业开发区、经济技术开发区和经济特区，区内企业和区外企业科技税收优惠政策不一样，弊病越来越明显。在区内的企业，有些企业并不是高新技术企业，也享受所得税的税收优惠。而某些区外的高技术企业却享受不到优惠政策支持。
税收优惠不能充分发挥效果
现行科技税收优惠政策缺乏针对性，优惠政策重点不明确，重产品，轻投入，重成果，轻转化的现象较为严重。
税收优惠方式选择不科学。我国现行的科技税收优惠主要手段是税收直接减免，优惠方式单一。税收直接减免虽然有操作简便、易为征纳双方把握等优点，但其缺点也是明显的：一是税收直接减免只能在一段时期内使用，因而，对于高技术产业发展中持续的创新行为缺乏有效的激励；二是税收直接减免一般在高新技术企业成立初期使用，而由高新技术企业成长特点所决定，该阶段企业很难或很少获利，该项政策难以给企业带来实际利益；三是税收直接减免，属于投资后的鼓励，引导企业的作用不显著，且容易导致税收流失。
税收优惠对象针对性不强。以企业为主而不是以具体的项目为对象，一方面使得一些企业的非技术性收入也享受了优惠待遇，造成税收优惠泛滥；另一方面使得一些经济主体的有利于技术进步的项目或行为难以享受税收优惠，造成政策缺位，最终降低了税收优惠政策的效果。
优惠力度偏小。特别是鼓励企业加大科技投入，促进企业科技创新和高科技产业方面支持力度不够。例如，我国为了鼓励企业加强研究开发活动，允许企业研究开发费用按150％的比例扣除，但其适用范围仅限于研究开发费用比上年实际增长10％以上的盈利企业，且其50％的超额扣除限制为不应超过其应税所得额。为鼓励企业加大科技投入，规定研究开发费用的增长幅度是必要的，这也符合多数国家的做法，但优惠只限于盈利在一定规模的企业，大大缩小了优惠范围。
税收扶持存在政策真空
高新技术产业发展的特点是高投入、高风险、高收益。但在税收政策设计上却忽略了其风险性。事实上高新技术企业，在创新过程中，面临着巨大的市场风险、开发风险和技术流失风险等，而当前我国的税收政策只是对企业技术开发的新产品所带来的利润予以一定的税收减免，对企业用于科研开发的投资以及开发过程中可能的失败，在税收上没有给予更多的考虑。
WTO条款的一些相关要求
通过考察WTO的相关条款，我国高技术产业相关税收政策需要调整的内容主要有：第一，世贸组织乌拉圭回合协定规定：补助金只能用于支持技术开发、地区开发、环境保护等领域，我国目前高新技术企业的税收优惠主要集中于高新技术产业开发区内企业，具有产业和地域的双重专项性补贴特征，这违反了反补贴协议的补贴专项性限制原则，我国应逐步改革或废除现行的按产业分地区进行的税收优惠政策体制，转变为分机能、分领域支持的体制。第二，根据WTO关于“国民待遇”的规定，我国的高新技术产业税收政策还应逐步消除对不同经济性质的市场主体实行不同税收待遇的状况，如对外资、内资企业的不同待遇。第三，我国目前对高技术产业的税收优惠主要集中于高技术企业本身，也有悖于WTO反补贴协议要求。
在对不符合WTO条款进行调整的同时，还应充分利用世贸组织的有关规则，更好地促进高技术产业发展。主要内容包括：从直接生产环节优惠向研究开发环节优惠转移；从生产贸易企业优惠向创新和产业化支持体系优惠转移，建立对商业性研究（产业基础研究、产业应用研究）、开发高新技术创业企业和创新孵育体系的税收优惠体系。
当前高技术产业适用的税收政策存在的问题客观地说，我国针对促进高技术产业发展出台了很多相关的税收优惠政策，这些政策对促进企业特别是外资企业和民营企业的科技创新，推动高科技产业化，发挥了一定的积极作用。但纵观整个税制结构和我国的科技税收政策，仍然存在着一些问题。
增值税使高技术企业负担加重
我国目前实行的是以流转税和所得税为主体的双主体税制结构模式，其中流转税收入居于绝对优势地位（2003年增值税占国家税收总量的69％）。但在流转税的具体设计中，并没有考虑高技术产业的一些特点，加重了高技术产业发展的负担。这样虽然我国的高技术产业在所得税上享受了一定的优惠，但是从整体来看，整个高新技术产业的所得税倾斜政策不能最大限度地发挥效力。
现行增值税加重了高技术产业的税收负担，从一定程度上制约了高技术产业的发展。这主要是因为我国目前实行的是生产型增值税，高技术产业比一般加工产业资本有机构成高，而固定资产所含税款不能抵扣，那么，高技术企业负担也相对重一些，而且生产型增值税也不利于高新技术企业适时进行设备更新改造，妨碍企业技术装备进步。更重要的是，它还在一定程度上形成了对高新技术产品的重复征税。高新技术产品出口时，不能实现彻底退税，从而削弱了我国高新技术产品的国际竞争能力。此外，与其它产业相比，高技术产业无形资产和开发过程中的智力投入往往占高新技术产品成本的绝大部分，但这些投入并不能抵扣。这也导致了高技术产业增值税负担偏重，增加了科技投入的负担，容易挫伤企业技术创新投入的积极性。
企业所得税优惠存在功能缺陷
我国企业所得税对内外资企业执行了不同的税率，外资企业所得税税率为15％，内资企业所得税税率为33％，内资企业所得税税负重于外资企业。具体到高技术产业，内外资企业也存在着不平等现象，如生产型外资企业自盈利之日起，两年免征企业所得税，后3年减半征收企业所得税。购买国产设备投资，还可以抵免企业所得税。但对新办内资高科技企业，自投产之日起，只能2年内减免企业所得税。事实上，很多高科技企业很难真正享受到这一优惠，因为高科技项目从研究开发到批量生产，再到开辟市场，其周期一般较长，大多要超过2年。
除了内外资企业所得税的差别外，我国执行的区域性税收优惠政策也存在着一定的功能缺陷。具体表现在高新技术产业开发区、经济技术开发区和经济特区，区内企业和区外企业科技税收优惠政策不一样，弊病越来越明显。在区内的企业，有些企业并不是高新技术企业，也享受所得税的税收优惠。而某些区外的高技术企业却享受不到优惠政策支持。
税收优惠不能充分发挥效果
现行科技税收优惠政策缺乏针对性，优惠政策重点不明确，重产品，轻投入，重成果，轻转化的现象较为严重。
税收优惠方式选择不科学。我国现行的科技税收优惠主要手段是税收直接减免，优惠方式单一。税收直接减免虽然有操作简便、易为征纳双方把握等优点，但其缺点也是明显的：一是税收直接减免只能在一段时期内使用，因而，对于高技术产业发展中持续的创新行为缺乏有效的激励；二是税收直接减免一般在高新技术企业成立初期使用，而由高新技术企业成长特点所决定，该阶段企业很难或很少获利，该项政策难以给企业带来实际利益；三是税收直接减免，属于投资后的鼓励，引导企业的作用不显著，且容易导致税收流失。
税收优惠对象针对性不强。以企业为主而不是以具体的项目为对象，一方面使得一些企业的非技术性收入也享受了优惠待遇，造成税收优惠泛滥；另一方面使得一些经济主体的有利于技术进步的项目或行为难以享受税收优惠，造成政策缺位，最终降低了税收优惠政策的效果。
优惠力度偏小。特别是鼓励企业加大科技投入，促进企业科技创新和高科技产业方面支持力度不够。例如，我国为了鼓励企业加强研究开发活动，允许企业研究开发费用按150％的比例扣除，但其适用范围仅限于研究开发费用比上年实际增长10％以上的盈利企业，且其50％的超额扣除限制为不应超过其应税所得额。为鼓励企业加大科技投入，规定研究开发费用的增长幅度是必要的，这也符合多数国家的做法，但优惠只限于盈利在一定规模的企业，大大缩小了优惠范围。
税收扶持存在政策真空
高新技术产业发展的特点是高投入、高风险、高收益。但在税收政策设计上却忽略了其风险性。事实上高新技术企业，在创新过程中，面临着巨大的市场风险、开发风险和技术流失风险等，而当前我国的税收政策只是对企业技术开发的新产品所带来的利润予以一定的税收减免，对企业用于科研开发的投资以及开发过程中可能的失败，在税收上没有给予更多的考虑。
WTO条款的一些相关要求
通过考察WTO的相关条款，我国高技术产业相关税收政策需要调整的内容主要有：第一，世贸组织乌拉圭回合协定规定：补助金只能用于支持技术开发、地区开发、环境保护等领域，我国目前高新技术企业的税收优惠主要集中于高新技术产业开发区内企业，具有产业和地域的双重专项性补贴特征，这违反了反补贴协议的补贴专项性限制原则，我国应逐步改革或废除现行的按产业分地区进行的税收优惠政策体制，转变为分机能、分领域支持的体制。第二，根据WTO关于“国民待遇”的规定，我国的高新技术产业税收政策还应逐步消除对不同经济性质的市场主体实行不同税收待遇的状况，如对外资、内资企业的不同待遇。第三，我国目前对高技术产业的税收优惠主要集中于高技术企业本身，也有悖于WTO反补贴协议要求。
在对不符合WTO条款进行调整的同时，还应充分利用世贸组织的有关规则，更好地促进高技术产业发展。主要内容包括：从直接生产环节优惠向研究开发环节优惠转移；从生产贸易企业优惠向创新和产业化支持体系优惠转移，建立对商业性研究（产业基础研究、产业应用研究）、开发高新技术创业企业和创新孵育体系的税收优惠体系。