为评估三亚珊瑚礁国家级自然保护区珊瑚礁生态系统的健康状况,本文选取东岛、鹿回头、大东海3个站位调查了珊瑚礁群落、珊瑚礁鱼类和大型底栖动物。通过对比分析历史资料、珊瑚礁现场生态调查与监测及组织专家评审,筛选出一、二级指标并设置权重,使用综合指数计算了三亚珊瑚礁保护区珊瑚礁生态系统健康指数。结果显示,三亚珊瑚礁保护区内共有造礁珊瑚10科21属37种,软珊瑚3种,造礁珊瑚覆盖率和软珊瑚覆盖率分别为14.31%和0.19%,其中鹿回头造礁珊瑚覆盖率最高,为21.58%。珊瑚礁鱼类共14科28属36种,其中,雀鲷科的种类数最多,为11种。鹿回头4 m断面珊瑚礁鱼类密度最大,为154尾/300 m~2。砗磲和龙虾极少发现,珊瑚天敌核果螺多见。东岛、鹿回头、大东海珊瑚礁生态系统健康状况均处于"一般"。本文所采用的方法是结合常规珊瑚礁监测可获得的指标进行评价,简便易操作,通过在三亚珊瑚礁保护区的实践,能够很好地反映珊瑚礁生态系统现状及其健康状况,科研和业务化监测部门均可应用。