基因组规模代谢网络模型的自动化重构

来源 :食品与生物技术学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：hua6952

【摘要】

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对基于KEGG在线数据库、Uniprot-MetaCyc数据库,以及同源比对3种构建基因组规模代谢网络模型的方法进行了自动化研究.同时提出了基于反应式字符频度直方图的马氏距离比对算法

【作者】

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柴文平薛卫张梁石贵阳

【机构】

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粮食发酵工艺与技术国家工程实验室江南大学,南京农业大学信息科学技术学院

【出处】

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食品与生物技术学报

【发表日期】

：

2014年9期

【关键词】

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基因组规模代谢网络自动化重构直方图 genome-scale metabolic networks auto-reconstruction histogr

【基金项目】

：

江苏省自然科学基金项目（BK2012363,BK2011153）.

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对基于KEGG在线数据库、Uniprot-MetaCyc数据库,以及同源比对3种构建基因组规模代谢网络模型的方法进行了自动化研究.同时提出了基于反应式字符频度直方图的马氏距离比对算法,并应用于模型整合和模型核心反应的识别.上述自动化方法的研究均在树干毕赤酵母基因组规模代谢网络重构过程中得到运用实施,对于提高模型构建效率意义重大.

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