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针对长江南京以下12.5 m深水航道工程河段水生生物种类多样,如何在航道工程建设中对环境的不利影响进行有效控制和缓解,是摆在深水航道建设者面前的全新课题。对此,长江南京以下12.5 m深水航道二期工程通过研发整治建筑物新型生态结构、强化现场实时监测、推行环保监理制度、设置停工期和生态补偿等方式,对航道治理工程环保建设进行了有益地实践和探索,效果显著,可供其他工程借鉴。