人们对“绿色”食品的钟爱，带来了蔬菜、水果等农作物无公害栽培的热潮，微生物农药越来越受到种植户的重视。为了提高微生物活体的施用和防治效果，施用微生物农药要做到“九防”。
　　
　　一防品种选择不当
　　微生物农药的专一性很强，杀虫谱不广。如果误认为生物杀虫剂可杀灭一切害虫，因而便不加选择地购买使用，不但收不到应有的效果，还会延误防治时期，增加生产成本和防治难度。因此，应针对不同害虫，有针对性地选择适宜的微生物农药。
　　
　　二防不选药械
　　由于微生物农药生产成本高，价格也高，为降低用药成本，提高微生物农药的防虫杀虫效果，必须优化用药技术，使用高性能喷洒机械、采用弥雾法喷施等。若不选药械，会造成微生物农药浪费，而提高生产成本。
　　
　　三防温度过低时施用
　　生物农药喷施的适宜温度为20～30℃。实践证明，在适宜温度下，施用生物农药，药效比在10～15℃时施用高出近两倍。如果农户在施用微生物活体农药时，不注意环境因素，不选择气温较高的天气施用，甚至在冬季和早春寒冷的天气施用，就无法达到预期的防治效果。
　　
　　四防干燥的天气施用
　　因为细菌不耐干燥的环境条件，所以，在晴天上午10点到下午4点等高温干燥的天气条件下施用，效果都不佳。施用生物农药时，空气相对湿度越大药效越好，粉状生物农药更是如此。因此，施用生物农药，特别是在喷洒粉状生物农药时，宜在早晚有露水时进行，杀菌剂才会较好的黏附在作物叶片上，提高药效。
　　
　　五防强太阳光高温下施用
　　微生物活体农药，最怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效的影响。实践证明，阳光照射生物农药30分钟，细菌死亡率达50％；照射１小时，细菌死亡率高达80％。因此要选择在下午5点钟以后或者阴天施用，避免在高温、强太阳光的中午施用。
　　
　　六防四级以上风时施用粉剂微生物农药
　　刮四级以上风时施用粉剂生物农药，会造成粉剂生物农药飘移和扩散，影响杀虫效果。因此，粉剂生物农药要在微风下施用。
　　
　　七防大雨前施用
　　施用微生物农药后5小时内下中雨或大雨，会将喷施在叶面上的生物农药冲掉，降低药效。但如果在施药５小时后下小雨，不但不会降低药效，反而有增效作用。这是因为小雨对芽孢发芽有利，害虫一旦采食便会加速死亡。所以施用微生物农药前，要看好天气预报。
　　
　　八防与化肥或杀菌剂混用
　　由于化学肥料易挥发，且具有很强的腐蚀性，若与微生物农药如杀螟杆菌、青虫菌等混用，易杀死微生物，降低防治效果。因此，化肥不能与微生物农药混合施用。另外，微生物农药也不能与杀菌剂农药混用。因为杀菌剂对微生物有直接杀伤作用，若混用，微生物会被杀死，微生物农药因而失效。例如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。但作为一种活体真菌，如果与杀虫剂混用，它们被杀菌剂致死，将会失去杀虫作用。
　　
　　九防储存方法不当
　　微生物农药应在低温干燥的环境中保存，防高温和潮湿，保存时间应在2年以内。