菊花脑GRAS家族鉴定及其低温胁迫响应表达分析

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利用生物信息学的方法鉴定了菊花脑(Chrysanthemum nankingense)GRAS基因(CnGRAS)家族成员,并利用已发表的RNA-Seq数据分析了CnGRAS在低温胁迫应答中的表达情况。结果表明:CnGRAS家族包含80个成员,可分为10个亚家族,同一个亚家族中各成员的基因结构和蛋白功能域高度保守。复制进化分析发现,CnGRAS家族的复制模式仅存在串联重复。GRAS在菊花脑中的表达具有组织特异性,多数在根和叶中表达水平较高。GO富集分析表明CnGRAS主要定位于细胞核,具有多种分子功能,参与多个生物学过程。RNA-Seq数据分析表明,14个CnGRAS至少在1种低温胁迫(短期低温或长期低温)条件下呈现差异表达,其中CnGRAS32、-33、-40、-44、-56、-74和-79呈现出显著上调表达,说明这些基因可能在菊花脑响应低温胁迫中起着重要作用。
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