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乡镇卫生院以公共卫生服务为主，其职能的有效发挥在整个农村公共卫生工作中起着举足轻重的作用。但是，近年来，由于财政体制和税收制度的改革及农村集体经济的解体，地方政府对于整个农村卫生体系的投入得不到保障，乡镇卫生院普遍存在重医轻防、以医养防、重有偿轻无偿、重收益多轻收益少、资源闲置与效率低下并存的问题，公共卫生功能弱化，预防保健工作处在被轻视的位置。