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假定某一质量性状受单基因控制，且在纯合显性（或纯合隐性）时会致死，造成不符合Mendelian分离比。在F2群体中，根据分子标记和该基因的连锁关系，获得标记与性状的各种表型类别、频率和植株数，通过Fisher最大似然法，推导出估计重组率的方程和标准误公式。Monte Carlo模拟研究表明，最大似然法得到的重组率估计值与真值接近，并验证了重组率估计值标准误公式。