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[目的]为对当前爆发的手足口病进行快速准确的检测。[方法]本研究建立了含内标的同时检测EV71和CA16的多重荧光RT-PCR方法，对该方法的特异性、灵敏度等进行评估，并对400多份临床样品进行了检测。[结果]实验结果表明，该检测方法特异性强，对10株EV71病毒、8株CA16病毒和25株其他人类病毒进行了检测，特异性为100%；该检测方法对EV71和CA16的检测灵敏度分别达到0.1 TCID50和1 TCID50；将0.1-104TCID50/mL EV71和CA16样本进行重复性实验，其变异系数分别