【摘 要】
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目的 结肠癌作为常见的消化道恶性肿瘤,越来越多的证据表明结肠癌预后与免疫系统之间存在相关性.实验目的是建立一个稳健的免疫相关基因对(IRGP)预后模型来评估结肠癌患者的
【机 构】
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甘肃中医药大学,甘肃兰州 730000;甘肃中医药大学附属医院,甘肃兰州 730000
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目的 结肠癌作为常见的消化道恶性肿瘤,越来越多的证据表明结肠癌预后与免疫系统之间存在相关性.实验目的是建立一个稳健的免疫相关基因对(IRGP)预后模型来评估结肠癌患者的总生存期(OS).方法 从TCGA、GEO 2个数据库下载结肠癌患者的基因表达谱和临床信息,将两组数据分别规定为Training组和Testing组.按照中位数绝对偏差(MAD)＞0.5筛选差异基因,并与ImmPort数据库下载的免疫相关基因取交集筛选免疫表达基因.对每个样品中筛选的免疫相关基因进行两两配对构建IRGP,进行Lasso Cox比例风险回归和10倍交叉验证,计算免疫相关基因对系数(IRGPI)以构建IRGP预后模型.用受试者工作特性(ROC)曲线分析来确定1年总生存率的IRGPI的最佳cut-off值.根据cut-off值将患者分为高免疫风险组与低免疫风险组.运用单变量和多变量Cox比例风险回归分析评估IRGPI对其他临床因素的预测能力.采用在线分析工具CiberSort评估了 22种免疫细胞在不同风险组中相对比例.采用gProfiler和Bioconductor包fgsea对预后免疫相关基因进行基因本体(GO)分析和基因集富集分析(GSEA).结果 在2 499个免疫相关基因中,有56对免疫相关基因与Testing组OS显著相关(P＜0.001).在Testing组中,以IRGP预后模型cut-off值-0.562将患者分为高免疫风险组和低免疫风险组,两组差异有统计学意义(P=0.015).在单因素Cox分析中,IRGP模型风险值与肿瘤分期等临床特征对预后有影响.在多因素Cox分析中IRGP模型风险值可以作为独立预后因素.对预后免疫相关基因进行GO分析和GSEA发现,高免疫风险组基因涉及对刺激的反应、细胞周期调控、多种RNA加工处理等多种生物学过程.免疫细胞浸润分析显示未活化的CD4+记忆性T细胞、活化的自然杀伤细胞、嗜酸性粒细胞在不同免疫风险组之间差异表达.结论 实验成功构建了对结肠癌有预后价值的IRGP预后模型,为结肠癌的治疗与预后评估提供新的见解与思路.
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