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细菌对利福平耐药是由于rpoB基因突变,从而影响药物的结合位点所致。rpoB主要编码细菌RNA聚合酶的β亚单位,rpoB特定位点突变的作用不仅影响细菌对利福平的敏感性并可导致其他后果。最近一项全基因组研究发现,对万古霉素具有异质耐药性的金黄色葡萄球菌最显著的遗传标记是rpoB481残基的特异性突变。同时,该位点的突变对达托霉素和各种β内酰胺类抗生素的活性也有不利影响。