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基因组以及后基因组研究可收集大量有用的生物学信息,并使许多的生物体得以全面的认识。细菌基因组研究对于植物病原性及互生型细菌在细菌-植物之间相互作用提供了极为重要的信息,尤其是Type-Ⅲ分泌系统(Type-Ⅲsecretion systems,TTSS)以及该系统在细菌-植物之间相互作用中的功能研究中具有举足轻重的作用。文章较为详细地阐述了当前植物相关细菌基因组学在细菌-植物研究中的作用,并分析了其未来研究的趋势。