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配电变压器的微机保护是配电系统安全可靠运行的重要保证。针对配电变压器保护的复杂特点，提出了DSP与MCU复合的双CPU结构，DSP主要负责保护信号检测与保护运算，MCU主要负责测量信号检测与人机接口。改进了基于傅立叶变换的保护算法。采用增量式递推算法提高了检测的实时性，降低了算法的运算量。利用继电保护测试装置和模拟断路器进行了功能测试，结果表明该装置保护逻辑正确、动作灵敏可靠。