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肺炎链球菌采取高度的遗传可塑性来产生表型多样性。其遗传可塑性体现在该物种具有高度多变的基因组序列，进而产生不同菌株间包括耐药性、荚膜多糖和表面蛋白的抗原性、菌落形态、致病性等的表型多样性。肺炎链球菌的自然转化介导的从环境中获取外源DNA的能力是使其产生遗传可塑性的主要机制。我们实验室最近的单分子测序研究发现肺炎链球菌能够通过DNA甲基转移酶基因的重组产生具有不同染色体DNA甲基化图案（甲基化谱）的子代细胞，这些表观遗传水平上的可逆性变化进而产生透明菌落与非透明菌落之间的可逆性相转变。产生透明菌落与非透明菌